南京地下铁道有限责任公司简称南京地铁公司，编制为正局级企业单位。南京地下铁道有限责任公司由南京市地下铁道总公司与南京地下铁道建设指挥部组成。南京地下铁道总公司主要负责南京地铁线路运营和维护，南京地下铁道建设指挥部主要负责承办南京市地铁工程的规划、设计、筹资、建设、运营及与地铁相关的物业开发等。