拓也一行人意外地卷入到彷徨之岛上的人型数码兽和兽型数码兽的战争当中。势不两立的两个种族的孩子们，却是十分要好的朋友。战争不可避免地打响，孩子们却发现，两族的头领贞德兽和马鹰兽竟然拥有相同的饰物，而传说中小岛的守护神巨鸟兽的背后，隐藏着一个惊人的秘密和阴谋……