这个学会原来是1731年成立于英国爱丁堡，为提高医学知识水平的协会。1739年协会的活动扩大，包括哲学和文学在内，并取名为爱丁堡哲学学会。之后曾中断过几年。1783年正式成立了爱丁堡皇家学会。学会除哲学会员外，还增加了自然科学的会员。1909年，爱丁堡皇家学会开辟了新址，设有讲课室、接待室和藏书16万册的一个图书馆。